Theo Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản III (Bộ NN-PTNT) năm 2010, từ Dự án quản lý nghề cá lưu vực sông Mê Công đã xác định được 195 loài cá thuộc 98 giống, trong 32 họ, 12 bộ ở khu hệ cá trên sông Sêrêpốk. Trong đó, có 34 loài cá được xác định là loài kinh tế, có sản lượng cao, chất lượng tốt, được nhiều người ưa chuộng. Tuy nhiên hiện nay, những loài cá mang tính đặc sản cho vùng Tây Nguyên đang trong tình trạng bị đe dọa tuyệt chủng như: cá trà sóc, cá mõm trâu, cá rô cờ, cá lăng đuôi đỏ…
